纤毛虫病始终是水产养殖过程中的顽疾，特别是鱼类养殖过程中最常见，近几年在海参保苗和养殖过程中也有出现。常见的表现是海参苗或是成参体表出现“烂眼”，取病灶组织镜下观察可见大量纤毛虫出现。若不加以控制，病灶组织会滋生大量有害菌，进而发生“化皮”现象。

目前尚未有治疗纤毛虫的特效药，市面上出售的纤毛虫药物大多效果不是很明显，在治疗上还是要以提高参苗或成参的身体免疫力为主，再使用纤毛虫药物进行杀灭，再使用抗生素对病灶处进行消炎，最后使用解毒类生物制剂对参苗或成参进行解毒。