使用大蒜素胶囊治疗人禽隐孢子虫病，每日4次，每次20-40mg，6日一疗程，一般经过1-2个疗程，症状和卵囊即可消失。近年来报道用阿奇霉素400mg/kg体重，对小鼠隐孢子虫病感染有疗效。